A Companhia de Saneamento da Capital (Sanecap) abastece a zona rural de Cuiabá com água proveniente de quatro Estações de Tratamento (ETAs): Nossa Senhora da Guia, Sucuri, Coxipó do Ouro e Aguaçu. Estas estações, que são abastecidas com água dos rios Cuiabá, Coxipó e Aguaçu, beneficiam mais de 13 mil pessoas.

A ETA Aguaçu, inaugurada em 2003, está localizada na saída da comunidade do Machado e capta água no Rio Aguaçu. Esta água já tratada é recalcada para o reservatório elevado com capacidade de 30 metros cúbicos (m³), e em seguida encaminhada à rede de distribuição por gravidade, com capacidade de 18.000 litros/hora e implantação de 1.960 metros de rede de água e 58 ligações domiciliares, o que beneficia aproximadamente três mil pessoas.

Também captando água do rio Aguaçu, a ETA Nossa Senhora da Guia foi inaugurada em 2002. A água tratada é recalcada para o reservatório apoiado com capacidade de aproximadamente 55 m³, depois é encaminhada à rede de distribuição por bombeamento, com capacidade para 36 mil litros/hora, beneficiando uma população de 4,8 mil habitantes.

Inaugurada em 2003, a ETA Coxipó  do Ouro capta água do rio Coxipó, que depois de tratada é bombeada para o reservatório elevado com capacidade de 30m³, e em seguida encaminhada à rede de distribuição por gravidade.

Tem capacidade de 18 mil litros/hora, com implantação de 345 metros de rede de água de 80 ligações domiciliares, beneficiando aproximadamente 2,4 mil habitantes.

Já a estação de tratamento do Sucuri capta água no Rio Cuiabá, que depois de tratada é bombeada para o reservatório elevado com capacidade de 18m³, logo depois encaminhada à rede de distribuição por gravidade. Possui capacidade de 18 mil litros/hora, com implantação de 1.120 metros de rede de água, beneficiando mais de 2,4 mil pessoas. Esta ETA foi inaugurada em 2002.

Além das ETAs da zona rural a Sanecap mantém mais sete estações e 79 poços tubulares para atender a população da zona urbana. ETA I (Presidente Marques) e II (São Sebastião), Porto (Wilson Padilha), Ribeirão do Lipa (Dante Martins de Oliveira), ETA Tijucal, Coophema e Parque Cuiabá. Com esse número de estações e poços, a Sanecap consegue manter uma cobertura de 97% da cidade.